Es ging dabei einerseits um die Errichtung einer 2.000 bis 2.200 Meter langen Nord-Süd-Piste zwischen Westautobahn und Glanfluß, andererseits aber auch um die Notwendigkeit eines Flughafenausbaues am alten Standort, eine Verlegung in den Flachgau und um den Stellenwert des Flugtourismus im gesamten Touristikaufkommen Salzburgs.
Die Kosten für den Ausbau des Flughafens wurden damals auf rund 60 Millionen Schilling geschätzt. Die Handelskammer gab daher eine positive Stellungnahme zum Ausbau ab, der damalige Landeshauptmann Dr. Josef Klaus berief am 12. Juli 1957 eine Enquete zur Flughafenentwicklung ein.
Nach einem Bericht der Salzburger Nachrichten vom 13.7. gab es eine Mehrheit für den Flughafenausbau mit Tunnel unter der Startbahn, sodass sich die Generalversammlung der Flughafen-Gesellschaft wenige Tage später mit diesem positiven Ergebnis befassen konnte.
Mit 1. Jänner 1958 trat das neue österreichische Luftfahrtgesetz in Kraft. Der ÖFAG-Besitzer, Ing. Pölz, legte im Februar das Projekt eines Motor- und Sportzentrums vor, das beidseits der Innsbrucker Bundesstraße angelegt werden sollte. Außerdem beschlossen Bund, Land und Stadt Salzburg in diesem Jahr die Verlängerung der Landepiste auf 2.200 Meter sowie den Bau einer Unterführung der Innsbrucker Bundesstraße.
Am 27. März 1958 landete das erste Verkehrsflugzeug mit österreichischem Hoheitszeichen auf dem Salzburger Flughafen. Am 1. August wurde nach 15 Monaten Bauzeit der Kontrollturm (Tower) in Betrieb genommen. Flugsicherungsdienst und Wetterwarte waren in neue Räume eingezogen. Verglichen mit den internationalen Flughäfen muss man zugeben, dass der Salzburger Flughafen nur provisorisch ausgestattet war. Alleine die Piste wurde bereits dreimal restauriert.
Ende 1958 sollten zwei Entscheidungen den Salzburger Flugplatz zu einem "richtigen Flughafen" befördern. Zuerst sollte die Piste so umgebaut werden, dass sie auch für viermotorige Langstreckenflugzeuge anfliegbar war. Der Baubeginn wurde auf das Frühjahr 1959 angestzt. Weiters wurde mit Dipl.-Ing. Spazier erstmals ein Techniker zum Geschäftsführer der Salzburger Flughafenbetriebsges.m.b.H. ernannt.
Am 17. Juli 1959 startete der Bau der neuen Piste mit einer Länge von 2.200 und einer Breite von 45 Metern. Außerdem wurde mit der Unterführung der Innsbrucker Bundesstraße begonnen. Diese bauarbeiten waren leider mit unerwartet hohen Kosten verbunden. Zusätzlich zu den 105 Millionen Schilling für den Bau mussten 31 Millionen Schilling für Grundablösen bezahlt werden.
Die Arbeiten für die Ausbauetappen des Salzburger Flughafens wurden auch im Winter durchgeführt. Ab diesem Zeitpunkt gedachte auch die AUA die Bundesländer in ihren Flugverkehr einzubeziehen. Die neue Piste des Salzburger Flugplatzes konnte am 1. Juli 1960 eröffnet werden, am 4. Juli 1960 landete erstmals die AUA.
Nachdem der Bau des Flugplatzes vorerst abgeschlossen war, begann man mit dem Umbau der Flughafenbaracke. Rechtzeitig wurde am 15. Mai 1961 der Salzburger Flughafen mittels ILS und NDB-Anlage für die Landung in Richtung 16 "schlechtwetterlandeklar" gemacht. Darauf erfolgte am 20. Juni mit einem AUA-Flugzeug der erste Nachtanflug, gesichert durch eine neue provisorische Befeuerung. Nun wurde der Salzburger Flughafen beliebte Anlaufstelle für Charterflüge und Kongressbesucher. Oft wurde Salzburg auch als Nebel-Ausweichflughafen für Flugzeuge benützt, die in Wien, Linz oder München nicht landen konnten. Die Pistenlänge betrug nun 2.000 Meter mit zusätzlichen 200 Metern Stoppfläche im Süden.